1861 онд Иргэний дайн эхлэх үед Жейкоб дөнгөж 20 настай байжээ. Тэрээр босогчдын талд орж Индиана мужийн 9-р явган цэргийн хорооны цэрэг болсон юм. 

Хоёр жилийн дараа буюу 1863 онд Миллер Иргэний дайны түүхэн дэх хамгийн их цус урсгасан гэгддэг Чикамаугийн тулалдаанд оролцжээ. Яг энэ үед тэрээр духандаа буудуулсан байна. Азаар сум тархинаас нь хэдхэн миллиметрийн зайтай,  гавлын ясанд нь гацжээ. Жейкоб шархадсан гэдгээ мэдсэн ч тулааны талбараас бууныхаа хүчээр амь гарч чадсан юм. 

Тэрээр удалгүй ойн дунд ганцаараа үлдсэн болохоо анзаарав. Өөрийн талынхныгаа удтал хайсан ч олж чадаагүйн дээр цаг өнгөрөх тусам толгойдоо авсан шарх нь зовоож эхлэв. Удалгүй нүүр нь аймшигтай хавдсан тул нүдээ ч нээж чадахаа байж, өлсөж цангаснаас болж ухаан нь балартжээ. Туйлдаж гүйцсэн Миллер замын хажууд ирээд ухаан алдаж унасан аж. Удалгүй нөгөө талын цэргүүд Миллерийг олж, өрөвдсөндөө өөрсдийн цэргийн эмнэлэгт хүргэжээ. 

Гэвч эмнэлэгт ирсэн хойно нь эмч нар дайсны талын цэрэгт хагалгаа хийхээс татгалзсан бөгөөд нэг бол бууж өг эсвэл Чаттануга дахь өөрийн талынхан руугаа яв хэмээн тулгажээ. Миллер бууж өгөхөөс татгалзан Чаттануга руу явахаар шийдэв. 

Тэрээр унах унаагүй явганы дээр шарх нь бүрэн эдгэрээгүй учраас замдаа дахин тамир нь тасарч, ухаан алджээ. Энэ удаад мөн аз таарч өөрийн талын эмнэлгийн сүйх тэрэг түүний олсон байна. Ийнхүү Миллерийг Нэшвилл хотын цэргийн эмнэлэгт хүргэж, эцэст нь эмнэлгийн тусламж үзүүлсэн байна.

Эмч үзэхэд сумны нүхээр түүний тархи харагдаж байсан гэдэг. Хэрэв сумыг авчихвал Миллер шууд үхэх эрсдэлтэй гэж эмч үзээд, мэс засал хийлгүй орхиж, шархыг нь зөвхөн цэвэрлээд боож өгсөн аж. Түүнээс хойш Миллер жил гаруйн хугацаанд өөр олон эмнэлэгт хандсан боловч бүгд дээрхтэй ижил шалтгаанаар мэс засал хийхээс татгалзсан гэнэ.

Толгойдоо буудуулснаас жилийн дараа Миллер төрөлх хотдоо эргэж ирсэн бөгөөд тэндхийн эмч гуйлтыг нь хүлээн авч, сумыг авч өгөхөөр болжээ. Мэс засал ч амжилттай болж, Миллерийн толгой дахь сумны гуравны нэгийг нь гаргаж чаджээ. 

Дайны дараа тэрээр нэлээд алдартай болсон төдийгүй ахмад дайчны хувьд хүн амьдралынхаа турш сар бүр 40 ам.доллар (Одоогийн ханшаар 1100 ам.доллар)-ийн тэтгэвэр авсан байна. Түүний буудуулснаас 17 жил өнгөрсний дараа нэгэн өдөр духан дээрх  нүхнээс нь сумны үлдсэн хэсэг унажээ. Ингээд зогссонгүй, 31 жилийн дараа дахиад хоёр хэсэг жижигхэн тугалга гарсан байна. 

Жейкоб Миллер Индиана муж дахь гэртээ 78-тайдаа нас барсан аж.